Baş ağrısı, ama aynı zamanda migren, hormonlarla ilişkilendirilebilmektedir; özellikle de bu ipucunun varlığı; kadın hastalar tarafından adet döngüsüne bağlı baş ağrısı ve migren atakları olduğunda verilmektedir, yani ya adet öncesi 2.döngü fazında ya da adet kanaması sırasında oluştuğu zaman. Bu tür bir döngü ve düzenlilik olduğunda hormonların da bu rahatsızlıklarda bir rolü olduğunu çok olası kılmaktadır.
Aslında, yumurtalık hormonlarının, migren gelişiminde rol oynayan beyindeki nörotransmitterleri etkileyebileceği bilinmektedir. Cinsiyet hormonlarının iniş ve çıkışları (yumurtalıktaki döngü sırasında oluştukları gibi) nörotransmitterlerin artıp ve azalmasına sebebiyet vererek serebral kan damarları üzerinde baş ağrılarına ve migren ataklarına yol açmaktadır.
Migren atağı esas olarak adet öncesinde, döngünün son haftası içinde yani adet başlangıcından hemen önce gerçekleşmektedir. Burada, progesteron azalmasının sorumlu olduğu varsayılmaktadır. Progesteron, siklusun ikinci yarısında salgılanan ve adet başlamadan önce azalmaya başlayan hormondur. Bu hormondaki değişiklikler, nörotransmiterler tarafından hissedilir ve bazen migrene yol açan baş ağrılarına veya kan damarlarında değişikliklere neden olabilmektir.
Hormon tedavisi olarak, progesteron verilmesi bu hormonun vücuttan daha yavaş ve daha kontrollü bir şekilde azaltılmasını sağlayabilir. Bu da tercihen progesteron içeren bir ilacın adet öncesinde kullanımı ile sağlanabilir.
Eğer baş ağrısı ya da migren atağı esas olarak adet dönemi ile sınırlıysa; bir yandan adet dönemindeki düşük östrojen seviyesi, öte yandan ise enflamasyon benzeri durumlar sorumlu tutulabilir. Kadınlar özellikle doğum kontrolu aldıkları zaman değil kestiklerinde yani ilacın ara döneminde bu durumdan muzdariptir. Bir östrojenin preparatının verilmesi, birçok durumda problemi çözmede yardımcı olabilmektedir.
Migren adet döngüsünden bağımsız olarak ortaya çıksa dahi yine de hormona bağlı olabilir; bu da hastanın hamile olduğunda migrenin hafiflemesi veya olmamasının hamilelik sırasında iyileşip iyileştirmediği sorusunun cevabına bağlayacaktır. Eğer migren atakları azalmış veya ortadan kalkmışsa, hamilelik sırasında çok yüksek oranda bulunan corpus luteum hormonunun yani progesteronun hasta için rahatlama ve iyileşme sağladığı varsayılmaktadır. Eğer migren, hormon içeren bir ilaç alımına ara verildiğinde ortaya çıkmayıp da hap alımı sırasında veya bir hormon alımında ortaya çıktığı takdirde bir doktora danışılıp gerekirse hormon tedavisi sonlandırılmalıdır.
